این سازمان براساس مصوبهٔ مجلس شورای اسلامی در ۲ شهریور ۱۳۸۲ برای شتاب بخشیدن به توسعه اقتصادی منطقه تأسیس شد. بر اساس مصوبه مجلس هفتم وسعت منطقه آزاد ارس در محدوده شهرستان جلفا ۲۰ برابر شد. بر اساس مصوبه مجلس نهم شهر هادیشهر و شهرک جانلو و قلی بگلو از توابع شهرستان‌های کلیبر و خداآفرین به محدوده منطقه آزاد ارس افزوده شد.
شهرک‌های صنعتی
فهرست شهرک‌های صنعتی فعال در منطقه آزاد ارس:
شهرک صنعتی جلفا
شهرک صنعتی هادیشهر
شهرک صنعتی جانانلو (خداآفرین)
جغرافیا
رود ارس، منطقهٔ مرزی پلدشت
منطقه آزاد ارس با مرکزیت جلفا در شمال غرب ایران واقع شده و در حاشیه رود ارس قرار گرفته است. رود ارس، مرز کشور ایران را با کشورهای جمهوری آذربایجان (جمهوری خودمختار نخجوان) و ارمنستان تشکیل می‌دهد. این منطقه تجاری-صنعتی در بین دو منطقه حفاظت‌شده کیامکی و ارسباران قرار گرفته است. منطقه آزاد ارس در ۱۳۷ کیلومتری تبریز -که به عنوان قطب شمال غرب و دومین شهر صنعتی ایران شناخته می‌شود- واقع شده است.
این منطقه با وسعت ۷۱ هزار و ۸۰۰ هکتار و در مجاورت شهرهایی مانند تبریز، خوی و اصلاندوز، به‌عنوان قطب صنعتی، کشاورزی و گردشگری شناخته می‌شود.
اراضی این منطقه شامل ۹٬۷۰۰ هکتار از اراضی منطقه می‌شد که براساس مصوبه جدید هیئت سازمان منطقه آزاد ارس در ۱۴ آذر ۱۳۸۷، محدوده این منطقه به ۵۱٬۰۰۰ هکتار شامل بخشهایی از ۲ شهرستان جلفا و کلیبر افزایش یافت. این محدوده ابلاغی در بخش متصل، محدوده اصلی را از ۹٬۷۰۰ هکتار به ۲۰٬۵۰۰ هکتار افزایش داده است و در ۳ بخش منفصل نیز قسمتی از شهرستان کلیبر به وسعت ۲۴٬۰۰۰ هکتار (موسوم به قلی بیگ‌لو) و اراضی اطراف سد خداآفرین به وسعت ۶٬۱۰۰ هکتار و محدوده گمرک نوردوز (مرز ایران با ارمنستان) به وسعت ۲۴۰ هکتار جمعاً به وسعت ۵۱٬۰۰۰ هکتار کل محدوده منطقه آزاد ارس را تشکیل می‌دهد.
منطقه آزاد تجاری-صنعتی ارس در استان آذربایجان شرقی (شهرستان جلفا)[۱] و شمال غرب ایران واقع شده است. بنا بر ارزیابی‌های صورت گرفته از سوی دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد ایران، منطقه آزاد ارس، پس از منطقه آزاد کیش، دومین منطقه آزاد توسعه یافته و در حال رشد کشور است.[۲]
این منطقه که در مجاورت دو کشور جمهوری آذربایجان و ارمنستان قرار گرفته، دارای وسعت ۵۱٬۰۰۰ هکتار است. منطقهٔ آزاد ارس در نزدیکی شهر تبریز -که یکی از قطب‌های عمدهٔ دانشگاهی و صنعتی ایران است- قرار داشته و با شهر تهران نیز ۷۶۱ کیلومتر فاصله دارد.
منطقه آزاد ارس شامل ۴ بخش گسسته از هم و به مرکزیت شهر جلفا است:
بخش آزاد جلفا
بخش آزاد نوردوز
بخش آزاد خدافرین
بخش آزاد یامچی
شهر جلفا به عنوان مرکز این ناحیه صنعتی-تجاری، در زمینه تجاری و گمرکی دارای پیشینه‌ای صد ساله بوده و مرز مشترک ایران و جمهوری خودمختار نخجوان در شهر جلفا به عنوان پرترددترین مرز مسافری ایران، پس از فرودگاه‌های تهران مطرح است. با تشکیل منطقه آزاد تجاری-صنعتی اردبیل بخشهای بیله سوار، پارس‌آباد مغان و گرمی از این منطقه آزاد منفک و به آن منطقه الحاق شد
